Havkajak Stevns er stiftet den 14. november 2005 som en almennyttig idrætsforening.

Kajakaktiviteterne blev oprettet i 1995 som en aktivitet i gymnastikafdelingen i SGI (Sydstevns Gymnastik og Idrætsforening). Gymnastikafdelingen havde siden St. Heddinge svømmehal blev bygget i 1965 haft svømning om vinteren og anvendte efter 1995 også den gamle svømmehal til kajakuddannelse. I 2005 blev vand- og friluftsaktiviteterne ført videre med stiftelsen af Havkajak Stevns, efter at bl.a. håndbold og volleyball allerede tidligere var blevet selvstændige foreningsaktiviteter.

Havkajak Stevns er registreret som en frivillig forening / type: idrætsklub 92.62.10 med CVR nr. 29066175